每日在皇帝身边的军机章京，自然成了人们打探消息的去处。乾隆年间曾担任过军机章京的策拔克，做了外官之后，利用在军机处的关系打探消息。在寄给军机章京的信内，策拔克甚至探询圆明园同乐园上演的是什么戏。嘉庆知道后不无愤怒：“大内演戏，无干伊事，探询何为？”

嘉庆五年发布谕旨：“军机处为办理枢务，承写密旨之地，首以严密为要。军机大臣传述朕旨，令章京缮写，均不应泄漏。”为了加强保密工作，嘉庆特意规定，军机大臣只准在军机处处理当日所奉谕旨，不得处理其他各部的文件，其他各部官员不得到军机处去回事，满汉文武大臣不准去军机处找军机大臣聊天，军机章京办事处不准外人偷窥，军机章京不得将文书带回家办理，京中王公大臣不得请军机章京代办陈奏事件。

隆宗门内南侧军机章京值班房此外，嘉庆还派御史到隆宗门军机处办公室坐镇，每天监视军机大臣和军机章京，如果有泄密事件，可以立刻上奏。同时也让军机大臣监视御史，如果御史迟到或者早退，也可以上奏报告，双方互相监视，以为保密。而在保密的功能之外，御史实际上也扮演了监视军机处的角色，以限制军机处扩张权势。

在军机章京的选任上，以往都是军机大臣挑选可靠的内阁中书、笔帖式充任，具有一定的随意性。军机处保送章京时，基本上从六部挑选，但工部保送人员被录用者最少，因为工部与军机处工作的切合度最弱。

嘉庆四年又规定，嗣后由内阁、六部从中书、笔帖式中选择人品端正、年富力强、字画端正者，交给军机大臣带领引见，再由皇帝挑选。记名人员则在军机章京有空缺时，按秩序补任。军机章京在乾隆朝尚无定额，此时正式确认满汉章京各十六人。同时规定，凡大员子弟，不得保送为军机章京。当年军机大臣引见的各部人员，有十五人被录用为章京，另有二十人按名次候补。此后每年引见的人员一般在十人左右，录用者有六七人。

嘉庆十一年，又规定军机章京须经过考试，凡考试合格者才有资格被带领引见。考试时，限时三刻交卷，字数须满三百，过时不交卷者立刻淘汰。此年考试题目是“勤政殿疏”，工部笔帖式董萼得了第一名。

嘉庆四年，因为擒拿了和珅之后，国家事务繁忙，军机处缺人，嘉庆就让成亲王永瑆入军机处帮忙。过了不久，嘉庆觉得不妥，亲王辅政，位高权重，容易滋生弊端，遂让成亲王永瑆退出军机处，并规定此后王公不得入军机处，以免专擅。

看到嘉庆大力整顿军机处，善于捕捉政治风向的御史也开始跟风。

嘉庆七年，御史王宁上奏，认为军机大臣权力过重，应加以限制。对此嘉庆批驳道，各省所寄信件及所拟谕旨，断然不能让很多人分工承担，交由军机处拟写发放，事有统汇，能提高效率。而军机大臣奉旨撰写谕旨，并不是将皇帝的权力转给军机大臣。“我朝令出惟行，大权从无旁落，将此奏掷还。”